Bilgisayar Bilimleri ve Mühendisliği Doktora Programı toplam 4 zorunlu ve 7 seçmeli ders, doktora yeterlik sınavı ve 4 doktora tez izleme komitesinden oluşmaktadır. İngilizce programdaki tüm dersler İngilizce, Türkçe programdaki derslerin tamamı Türkçe olarak yürütülmektedir. Her zorunlu ders, sadece programda belirtildiği dönemde açılmaktadır. Seçmeli dersler ise dönem itibarıyla değişkenlik göstermektedir. Programın azami süresi sekiz dönemden oluşmaktadır. Programlar kapsamında yer alan dersler, üniversitemizin güçlü akademik kadrosu, diğer yükseköğretim kurumlarından gelen akademisyenler ve ilgili sektörün öncü profesyonellerinin desteği ile yürütülecektir. Öğrenciler dersleri, hafta içi akşam 18:30-21:30 saatleri arasında kampüse gelerek akademisyenlerle yüz yüze alabileceklerdir.