Mustafa Ersen, lisans eğitimini 2009 yılında İstanbul Teknik Üniversitesi Bilgisayar Mühendisliği Bölümü'nde ve yüksek lisans eğitimini 2012 yılında aynı üniversitenin Bilgisayar Bilimleri Bölümü'nde tamamladı. Yüksek lisans tezinde, Rube Goldberg makineleri benzeri bulmacalardan oluşan bir bilgisayar oyunundaki nesneler arasındaki uzam-zamansal ilişkilerden yararlanılarak bu nesnelerin birbirleriyle etkileşimlerinin sonlu durum makineleri şeklinde öğrenilmesi ve öğrenilen yapının aynı nesneleri barındıran yeni bulmacaların çözümünde plan üretilirken kullanımına yönelik bir çıkarsama sistemi geliştirdi. Bu çalışması "Learning Behaviors of and Interactions Among Objects Through Spatio-Temporal Reasoning" başlığıyla IEEE Transactions on Computational Intelligence and AI in Games isimli dergide yayınlandı. 2010 - 2018 yılları arasında İstanbul Teknik Üniversitesi Bilgisayar Mühendisliği Bölümü'nde araştırma görevlisi olarak çalıştı. 2019 yılından beri MEF Üniversitesi Bilgisayar Mühendisliği Bölümü'nde araştırma görevlisi olarak çalışmaktadır.